「12.29濟州航空客機事故」中捲入引擎的鳥類於1月25日確認為巴鴨，巴鴨是冬季在務安地區最常見的候鳥。國土交通部航空鐵道事故調查委員會（以下簡稱調查委）表示，從事故客機兩側引擎中發現了羽毛和血跡，經國內專業機構進行基因分析，確認為巴鴨。
不過，目前尚無法確認究竟有幾隻鳥捲入引擎並導致故障。巴鴨是冬季在包含韓國的東亞地區常見的候鳥，群居性強，常成群活動，主要棲息於務安的濕地與潮間帶。這些鳥類在務安國際機場附近也經常可以見到。因此，若機場平時的鳥類偵測功能運作正常，這起事故可能是可以避免的。
調查委表示：「根據機場監控攝影機（CCTV）畫面，確認飛機在重飛過程中與鳥類發生碰撞。」目前務安機場缺乏鳥類偵測所需的專用設備，如鳥類探測雷達與熱影像攝影機。
事故當時，管制員並未使用鳥類偵測設備，而是透過肉眼觀察到鳥群後，向飛行員發出了鳥擊警告。調查委指出：「根據目前發現的樣本，尚無法判斷捲入的鳥類數量或是否包含其他種類的鳥類。」並補充說，為確認引擎狀態與進行額外的樣本採集，正在規劃引擎解體檢查。
此外，調查委還表示：「目前正同步分析飛行記錄器（FDR）、語音記錄器（CVR）與空中管制通話記錄等資料，預計詳細分析與驗證需要數個月時間。」
之前調查委曾提到，在事故客機的黑盒子中提取數據時，發現碰撞前最後4分7秒的記錄遺失。另外，調查委於當日公開了以「秒」為單位整理的事故發生過程。
根據調查委資料，濟州航空客機於2024年12月29日上午8點54分43秒首次與務安塔台進行要降落的通訊，塔台隨後批准客機降落在01跑道。塔台於3分7秒後（上午8點57分50秒）才向飛行員提供鳥類活動注意資訊。21秒後的上午8點58分11秒，飛行員間出現「飛機下方有鳥群」的對話，這是首次公開機長與副機長在事故客機內的對話內容。僅僅39秒後的上午8點58分50秒，黑盒子記錄同時中斷。6秒後，正在嘗試重飛的飛行員向塔台宣告因鳥擊而發出緊急求救（Mayday）。
根據國際民航公約附件13的規定，調查委將在1月27日前向國際民航組織（ICAO）及美國、法國、泰國等相關國家提交包含這些內容的初步報告，該報告也將在調查委網站公開。調查委也於當日下午1點在務安機場向罹難者家屬舉行說明會，報告事故調查進展與後續計畫。國土交通部表示，未來將優先向罹難者家屬報告調查進展，說明會結束後再向媒體發布相關資料。
